Parce qu’elle fut l’une des premières sciences, et la première à se préoccuper du problème de la classification, la botanique n’est pas une science comme les autres.
D’un côté, la science « aimable » et populaire ; de l’autre, le lieu d’affrontement de grandes querelles philosophiques, telle celle des Universaux qui oppose les tenants du nominalisme à ceux du réalisme.
Linné, avec sa classification latine à deux termes, donna du grain à moudre aux philosophes des Lumières, mais les poètes et savants des deux derniers siècles se sentirent tout aussi concernés par la nomenclature des marguerites. Rousseau, le plus célèbre des botanistes-philosophes, écrivait que son herbier faisait surgir des moments vécus à chaque spécimen. Cet Herbier des philosophes qui montre, de la zoologie à la sociologie et de la linguistique à la morale, l’étendue de la réflexion sur la botanique, fait aussi surgir des noms célèbres (Kant, Leibniz, André-Marie Ampère) hors de leur contexte habituel et replace des auteurs injustement éconnus (Michel Adanson, Alphonse de Candolle) au Panthéon de la philosophie botanique. S’il n’y eut jamais de « Newton du brin d’herbe », comme Kant le déplorait, la plante eut cependant de merveilleux philosophes.